Kebijakan dasar yang menjadi pertimbangan berdirinya PPB adalah :
- Dalam menjalankan praktik bisnis yang sehat, PPB memiliki kewenangan untuk berhubungan dengan pihak ketiga dalam rangka kerjasama dengan mitra-mitra bisnis yang sesuai dengan kode etik
 - Seluruh unit kerja di lingkungan UIN Sunan Kalijaga yang bertujuan atau dapat menghasilkan profit dikelola dibawah manajemen PPB termaPPB berbagai pengelolaan berbagai pelatihan (training)
 - PPB memiliki wewenang penuh untuk mengatur kontrak-kontrak bisnis dengan pihak ketiga, semisal sewa menyewa
 - PPB berhak mewakili Rektor dalam hubungan bisnis dengan pihak luar kampus
 - PPB mengurus seluruh perizinan yang terkait dengan bisnis UIN Sunan Kalijaga (TermaPPB hubungan dengan Pemda dan pihak – pihak terkait)
 - Seluruh unit yang berada dibawah manajemen PPB harus memberikan laporan kegiatan dan keuangan sesuai format dan prosedur yang dikeluarkan PPB secara reguler baik bulanan, triwulanan, semesteran, maupun tahunan
 - PPB membuat rencana bisnis tahunan yang meliputi Rencana Bisnis Anggaran (RBA) yang meliputi rencana Pendapatan dan Pengeluaran